La qualité des masses d’eau du bassin est globalement médiocre. Les analyses qualitative et quantitative des poissons (IPR) et des invertébrés (IBGN) sont pertinents pour qualifier l’amélioration ou la dégradation d’un milieu. En effet, il se trouve que la faune aquacole est intégratrice de l’ensemble des perturbations physiques et physico chimiques existant sur un bassin.
Ces deux tableaux montrent qu’au cours des dix dernières années, la qualité de la faune aquacole des cours d’eau du bassin de la Vouge s’améliore. Toutefois les progrès sont lents. Il est à noter qu’une réflexion, en cours, s’interroge sur la pertinence de l’IPR sur les petits cours d’eau (comme ceux du bassin de la Vouge).